山東濟南非法經(jīng)營疫苗系列案件發(fā)生后，黨中央、國務(wù)院高度重視，有關(guān)部門和地方密切配合，立即開展了案件查辦和處置工作。為進一步督促查清案件，嚴懲不法分子，依法依規(guī)追究相關(guān)人員責(zé)任，并進一步建立健全監(jiān)管機制、完善法規(guī)制度體系，3月28日，國務(wù)院批準組織山東濟南非法經(jīng)營疫苗系列案件部門聯(lián)合調(diào)查組。當(dāng)晚調(diào)查組即趕赴山東，全面開展案件調(diào)查、處理工作。國務(wù)院工作督查組派專人參加，全程督查指導(dǎo)調(diào)查工作。

3月29日，部門聯(lián)合調(diào)查組組長、食品藥品監(jiān)管總局局長畢井泉主持召開了調(diào)查組第一次全體會議，傳達學(xué)習(xí)了李克強總理等中央領(lǐng)導(dǎo)同志重要批示精神，重點圍繞七個方面開展工作。一是徹查“問題疫苗”的流向和使用情況，全面查清案情；二是依法嚴厲打擊違法犯罪行為，對涉案人員必須要依法依規(guī)嚴懲重處；三是對失職瀆職行為嚴肅問責(zé)，包括黨紀政紀處分，構(gòu)成犯罪的要移送司法機關(guān)；四是做好涉案疫苗接種者風(fēng)險評估，組織專家研究提出針對性分類處理措施，發(fā)現(xiàn)問題及時處置、科學(xué)應(yīng)對；五是總結(jié)案件的經(jīng)驗教訓(xùn)，提出堵塞漏洞、完善法規(guī)制度、加強疫苗監(jiān)管工作意見；六是回應(yīng)社會關(guān)切，及時公布案件查處情況，以及專家對涉案疫苗安全性、有效性的科學(xué)評估；七是案件調(diào)查工作完成后，全面總結(jié)案件查處、責(zé)任追究、強化監(jiān)管、完善制度等情況，形成調(diào)查報告報國務(wù)院。根據(jù)工作需要，調(diào)查組下設(shè)案件工作組、疫苗經(jīng)營工作組、疫苗使用工作組、責(zé)任追究工作組、綜合組和專家組6個工作組。

會議要求，調(diào)查組要堅持科學(xué)嚴謹、實事求是、依法依規(guī)、注重實效的原則，全面、科學(xué)、客觀、公正地開展案件調(diào)查工作。對于在調(diào)查中故意隱瞞事實、弄虛作假、提供虛假情況的，要從嚴懲處。會議指出，這起非法經(jīng)營疫苗案件，暴露出疫苗流通和使用中長期存在的管理漏洞和制度缺陷。要按照李克強總理等中央領(lǐng)導(dǎo)同志重要批示指示精神，從這次案件中深刻汲取教訓(xùn)，舉一反三，推動建立健全監(jiān)管法規(guī)制度體系，完善長效機制。

聯(lián)合調(diào)查組還專門召開了專題會議，聽取了山東省人民政府和濟南市人民政府對案件調(diào)查、處理工作的匯報，以及山東省公安、衛(wèi)生計生、食品藥品監(jiān)管等部門前期開展工作的情況匯報。

聯(lián)合調(diào)查組副組長公安部副部長黃明、監(jiān)察部副部長陳雍、衛(wèi)生計生委副主任王國強、食品藥品監(jiān)管總局副局長吳湞，以及山東省人民政府省長郭樹清、副省長王書堅等出席會議，聯(lián)合調(diào)查組全體成員參加會議。