2005年12月20日，衛(wèi)生部提出，組建人感實致病性禽流感及傳染性非典型肺炎防治衛(wèi)生應(yīng)急隊伍、不明原因疾病衛(wèi)生應(yīng)急隊伍、重大中毒事件衛(wèi)生應(yīng)急隊伍、輻射事故衛(wèi)生應(yīng)急隊伍；已組建的國家級救災防病醫(yī)療與衛(wèi)生防疫應(yīng)急隊伍和反恐怖醫(yī)學救援隊也將進一步完善。國家級人感染高致病性禽流感及傳染性非典型肺炎防治衛(wèi)生應(yīng)急隊伍，將依托中國疾病預防控制中心、北京市衛(wèi)生局、廣東省衛(wèi)生廳分別組建人感染高致病性禽流感及傳染性非典型肺炎實驗室檢測與流行病學調(diào)查、醫(yī)療救治應(yīng)急分隊。不明原因疾病衛(wèi)生應(yīng)急隊伍將依托中國疾病預防控制中心、北京協(xié)和醫(yī)院。

此外，2005年農(nóng)業(yè)部實施了重大動物疫病防控定點聯(lián)系制度，定期到各地檢査防控措施落實情況，及時果斷處置突發(fā)疫情，防止疫情擴散蔓延。疫情發(fā)生后，農(nóng)業(yè)部立即派出工作組和專家組，開展流行病學調(diào)查，查清疫源指導地方有針對性地采取隔離、封鎖、撲殺、消毒等防控措施。同時，做好動物防疫監(jiān)督檢查工作，防止疫情擴散蔓延。

在禽流感出現(xiàn)后，各地各部門在黨中央和國務(wù)院的統(tǒng)一領(lǐng)導下，全力以赴地進行禽流感的防控工作，構(gòu)筑了“防御大聯(lián)盟”。

在首次出現(xiàn)禽流感疫情的內(nèi)蒙古呼和浩特滕家營，呼和浩特市成立了以市長任總指揮的現(xiàn)場疫情撲滅指揮部，組織力量全力撲滅疫點疫情，并在全市范圍內(nèi)對禽類進行強制免疫。劃定滕家營為疫點，周圍3公里內(nèi)為疫區(qū)，5公里范圍內(nèi)為緩沖區(qū)，發(fā)布封鎖令，從10月14日19時起，疫點疫區(qū)實行強制封鎖。14日晚連夜對滕家營近萬只禽類進行全部撲殺，并進行無害化處理；對膝家營的住戶及3公里疫區(qū)內(nèi)養(yǎng)殖圈舍、道路等進行全部強制消毒15日晚，又對3公里疫區(qū)內(nèi)7到8萬只禽類進行全部撲殺和無害化處理。

自2005年10月20日起，上海出入境對禽流感防控進入警備狀態(tài)，對所有海陸空入境通道全面實施入境人員的鞋底消毒，對來自疫區(qū)的肉禽蛋產(chǎn)品一律銷毀。采取了三個方面的措施：一是嚴審入境貨物單證；二是登輪檢查疫區(qū)船舶；三是出入境人員須體測。

從2005年10月21日起，北京開始全面監(jiān)測候鳥遷徙狀況，城郊設(shè)立了57個候鳥監(jiān)測點，監(jiān)視越冬候鳥狀況。并配備了專門的設(shè)備，詳細記錄候鳥的種類、活動時間、地點以及鳥糞情況。一旦發(fā)現(xiàn)變化，將在第一時間上報動物防疫監(jiān)督機構(gòu)，而防疫部門則將啟動預案，對有異樣的候鳥進行檢查化驗和處理。

在黑龍江，2005年10月25日，省防治高致病性禽流感指揮部發(fā)布緊急通知，要求各地必須立即部署防控工作，切實落實免疫、監(jiān)測、消毒、宣傳、培訓和物資儲備等各項防控措施，進一步增強防控工作的緊迫感和責任感從防控疫情大爆發(fā)、大流行出發(fā)，克服麻痹思想和僥幸心理，把防控工作擺上重要議事日程，查找防疫漏洞。

2005年10月25日，江西省緊急出臺防控高致病性禽流感的7條措施在全省范圍內(nèi)開展“集中免疫行動”“消毒滅源行動”，對江西全省種禽和水禽實行強制免疫。同時，還重點加強對曾發(fā)疫情地區(qū)、養(yǎng)殖密集區(qū)的監(jiān)測按照候鳥遷徙途徑，重點加強鄱陽湖等大型湖泊周圍以及水庫、濕地、自然保護區(qū)周圍以及南昌市等養(yǎng)殖密集地區(qū)的監(jiān)測。

到2005年11月，河北省建立了7個野生鳥類禽流感疫情監(jiān)測點，其中有3個是國家級監(jiān)測點，分別位于海興濕地、塞罕壩壩上濕地和秦皇島野生動物救護中心，4個省級監(jiān)測點分別設(shè)在白洋淀濕地、昌黎沿海、懷來官廳水庫和衡水湖濕地。