這次透水事故涉及拉甲、龍山、田角、恒源、果園、華星、精誠7個(gè)礦并，這些礦井深至海拔負(fù)180多米，垂深達(dá)700米左右，透水使海拔負(fù)110米以下的井巷全部被淹。井下水量估計(jì)達(dá)34萬立方米，要抽干井下水，難度非常大。

黨中央、國務(wù)院派出的調(diào)查組深入現(xiàn)場了解情況，明確要求，要不惜切代價(jià)把水抽干! 中央調(diào)查組強(qiáng)調(diào)，以秒為速度進(jìn)行工作，督促各項(xiàng)措施的落實(shí)，要求盡快把水抽干。

廣西迅速抽調(diào)精干力量，成立了礦井排水搶險(xiǎn)現(xiàn)場指揮部，近千名抽排水大軍火速集中到7個(gè)窿口。為了加快進(jìn)度，在調(diào)查組的直接指揮下，從貴州、重慶等地調(diào)來排水、通風(fēng)設(shè)備和礦山救護(hù)人員。整個(gè)搶險(xiǎn)過程中，7個(gè)礦并共投入使用抽水泵267臺(tái)，其中新購64臺(tái)，裝有壓風(fēng)機(jī)57臺(tái)，壓風(fēng)管路在原有10趟的基礎(chǔ)上增至13趟。按照國務(wù)院調(diào)查組的要求，指揮部迅速前移到事故現(xiàn)場的大廠鎮(zhèn)，主要領(lǐng)導(dǎo)親自坐鎮(zhèn)指揮，采取了強(qiáng)有力的措施。在抽、排水進(jìn)程中及時(shí)調(diào)整抽水方案，改造局部排水系統(tǒng)，強(qiáng)化排水的勞動(dòng)組織管理，為各窿口增加設(shè)備，改善井下通風(fēng)條件，每天排水能力由開始時(shí)的1萬多立方米增加到4萬多立方米。

8月6日下午4時(shí)許，龍山礦井下發(fā)現(xiàn)了死者遺體，這是事故井下發(fā)現(xiàn)的第一具尸體。在隨后的半個(gè)多月時(shí)間里，遺體被陸續(xù)發(fā)現(xiàn)。從8月8日起隨著7個(gè)窿口井下積水相繼抽干，搶險(xiǎn)隊(duì)員以高度負(fù)責(zé)的精神，強(qiáng)忍著異味一次又一次深入井下，小心翼翼地把遺體一具一具裝進(jìn)袋子運(yùn)出。隨著井下積水的抽干，為了徹底查清死亡人數(shù)，搶險(xiǎn)隊(duì)開始對(duì)井下所有巷道進(jìn)行“地毯式”搜查。搶險(xiǎn)隊(duì)員冒著高溫與異味，一寸一寸地細(xì)心清除井下淤泥，細(xì)心排查，以防可能還有被掩埋在淤泥中的遇難者遺體。8月20日20時(shí)，當(dāng)最后一個(gè)窿口拉甲礦海拔負(fù)181米處的井下積水抽干后，善后處理小組經(jīng)認(rèn)真查證，發(fā)現(xiàn)遺體一共78具，加上事發(fā)后礦老板處理的2具，共發(fā)現(xiàn)遺體80具，另有一人失蹤。

8月20日，南丹礦井透水事故涉及的7個(gè)窿口、總量達(dá)34萬立方米的抽排水任務(wù)終于完成，為深入調(diào)查事故原因創(chuàng)造了條件。

為了妥善處理遇難者遺體，自治區(qū)工作組按照國務(wù)院調(diào)查組的要求，制定了一整套工作程序，專門抽調(diào)45名衛(wèi)生防疫人員從事衛(wèi)生消毒、防病工作。對(duì)井下剛打撈起來的遺體先消毒一次，運(yùn)到地面后再進(jìn)行第二次消毒。井下抽出的水也全部撒下漂白粉等藥消毒，對(duì)龍山、拉甲等井口進(jìn)行重點(diǎn)消毒和衛(wèi)生監(jiān)測，確保事故礦井周圍地面沒有任何疫情發(fā)生。

黨中央、國務(wù)院赴南丹事故調(diào)查組對(duì)大難之后防大疫提出了明確指示和部署，成立了事故處理衛(wèi)生防疫病工作小組，抽調(diào)地方60多名衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員組成防疫防病工作隊(duì)赴事故現(xiàn)場開展工作。