1985年8月12日，時(shí)值夏末，數(shù)以百萬計(jì)的人正要返鄉(xiāng)歡迎日本傳統(tǒng)節(jié)日盂蘭盆節(jié)，傳統(tǒng)上人們要拜祭祖先，常會(huì)返回出生地和家人團(tuán)聚。在這一情況下，該班機(jī)的乘客大多為日本人，但也有21名外國人。

出事的JAL123航班為這架飛機(jī)當(dāng)天預(yù)定飛航的第五個(gè)航班。到達(dá)大阪后折返的JAL130班機(jī)原本是當(dāng)天最后的一班大阪往羽田班次，因此當(dāng)時(shí)自羽田起飛的JA8119機(jī)上共搭載了能夠飛行3小時(shí)15分鐘、足夠直接返航不需在大阪進(jìn)行補(bǔ)給的燃料。JAL123航班的飛行計(jì)劃為：18時(shí)00分自羽田國際機(jī)場起飛，起飛后向西南方向直飛，到達(dá)伊豆大島后轉(zhuǎn)向朝西方直線飛行，直至和歌山縣串本町上空后以順時(shí)針方向繞行約135度之后朝東北方進(jìn)場，預(yù)計(jì)18時(shí)56分到達(dá)伊丹機(jī)場。

當(dāng)天，飛機(jī)工程師福田博在JA8119上執(zhí)飛了往返羽田與福岡的JAL363/366，副機(jī)長佐木祐也在另一架飛機(jī)上擔(dān)任了乘務(wù)，機(jī)長高濱雅己則是當(dāng)天第一次執(zhí)飛。

18時(shí)24分，這是起飛12分鐘后，在爬升時(shí)，突然發(fā)生巨響，機(jī)艙內(nèi)發(fā)生爆炸性減壓，機(jī)尾衛(wèi)生間天花板崩塌，液壓系統(tǒng)也故障，事后調(diào)查顯示此時(shí)垂直尾翼更有一大半損毀脫離。機(jī)長決定回航至羽田。其后航機(jī)因液壓油滲漏而引致操縱面板無法控制，但引擎和電力系統(tǒng)仍正常運(yùn)作。

18時(shí)24分47秒，飛機(jī)宣布緊急狀況，信號(hào)被位于所澤市的東京航空交通管制部接收。之后高濱雅己機(jī)長通過無線電向航空交通管制部確認(rèn)緊急狀況，并要求返回羽田機(jī)場，JAL123在飛至伊豆大島上空時(shí)要求雷達(dá)導(dǎo)引，此時(shí)羽田機(jī)場開始做緊急著陸的準(zhǔn)備。

18時(shí)27分：航航空交通管制部繼續(xù)詢問飛機(jī)出現(xiàn)的問題時(shí)，機(jī)長并沒有回答。

18時(shí)40分：飛機(jī)為提升空氣阻力放下起落架，其后在富士山東巒北方上空以及山梨縣大月市上空進(jìn)行了向右急回旋，高度從22,000呎降至6，000呎，下降15,400呎。在奧多摩町被人拍下沒有垂直尾翼的JAL123班機(jī)。

18時(shí)48分：飛機(jī)設(shè)備記錄到機(jī)長慌亂的呼吸聲，但沒人說話。

18時(shí)53分：航空交通管制部與JAL123取得聯(lián)絡(luò)，JAL123在無線電中稱飛機(jī)已經(jīng)“失控”。

18時(shí)56分：經(jīng)過機(jī)長、副機(jī)師及飛航工程師的努力，仍然無法讓飛機(jī)安全降落。飛機(jī)在高天原山墜毀，前半部撞山起火燃燒，后半部滑落山腰。

而事后了解，在客艙內(nèi)，巨響之后，客艙內(nèi)的氧氣面罩直接落下，并開始播放預(yù)先錄制的通知。根據(jù)提示，乘客們戴上氧氣面罩并系好安全帶。根據(jù)幸存者的證言，客艙內(nèi)沒有混亂，非常平靜。帶小孩的乘客根據(jù)提示為孩子戴好氧氣面罩。

由于自意外發(fā)生到墜毀間有達(dá)半小時(shí)以上的時(shí)間，部分乘客在機(jī)上寫下了遺書，并有乘客以相機(jī)拍下了當(dāng)時(shí)機(jī)艙內(nèi)的情景，這些遺物都在搜救過程中被發(fā)現(xiàn)。

由于失事現(xiàn)場位于山區(qū)，而且失事當(dāng)時(shí)下雨，導(dǎo)致能見度不高，發(fā)現(xiàn)失事飛機(jī)的直升機(jī)認(rèn)為沒有生還者跡象，而不愿冒險(xiǎn)降落檢查。而陸路的搜救隊(duì)伍則因不相信有生還者，所以當(dāng)晚并沒有連夜趕到現(xiàn)場搜救，而是在離現(xiàn)場63千米的村莊過夜。日本的搜救隊(duì)內(nèi)部出現(xiàn)種種混亂和延誤，最終導(dǎo)致搜救人員到隔天才到達(dá)現(xiàn)場。之后日賣新聞的直升機(jī)也到達(dá)了現(xiàn)場，由于不具備救援條件，同樣在懸空一段時(shí)間后離開。